纤维结肠镜的基本结构是由光学系统和机械系统组成。光学系统包括导像和导光系统。在机械系统中包括弯曲及调节控制系统，注水、注气系统，吸引活检管道系统和金属软管、塑料管制成的外壳保护等组成。从外观上可分成5个部分：头部、可控弯曲部、软管部、操作部、万能导索。根据工作长度可将纤维结肠镜分为短型、中型、中长型和长型四类，短型的工作长度为60～70cm左右，也称纤维乙状结肠镜，适用于检查直肠和乙状结肠。由于该镜镜身较短，操作简便、灵活，插入迅速，易于单人操作，且不需做严格的肠道准备，病人痛苦少，故更适用于直肠和乙状结肠疾病的普查。